El 23 de abril de 1999 Joaquín Díaz recibió de manos del Presidente de la Junta, el Premio Castilla y León de Humanidades y Ciencias Sociales, máximo galardón en su género en la Comunidad. Se le otorgó el Premio «Norte de Castilla» de Cultura en el año 2000. Es académico correspondiente de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando y pertenece a la Academia de las Artes y las Ciencias de la Música, creada por la Sociedad General de Autores y Editores de España.
En junio de 2002 recibió de manos de S.M. El Rey la Medalla de Oro al Mérito en las Bellas Artes.
En el año 2005 la Universidad de Valladolid, a propuesta del Departamento de Prehistoria, Arqueología, Antropología Social y Ciencias y Técnicas Historiográficas, acordó nombrarle Doctor Honoris Causa por la Facultad de Filosofía y Letras.
En el año 2007, la Muestra de Documental Etnográfico de Sobrarbe le entregó la «Mención Especial Espiello». A finales del año, Cioff (Consejo Internacional de Organizaciones de Festivales de Folklore) le nombró Socio de Honor.
En el año 2008 la Academia de la Música le concedió el «Premio a toda una vida» que se le entregó en la Gala de los Premios de la Música 2008.
En el año 2012, la Feria del Libro de Valladolid le rindió un homenaje en el que se recordaba su trabajo bibliográfico y discográfico.
En mayo de 2012 la empresa discográfica Warner Music Spain reeditó su obra Cancionero de Romances, que se había publicado en los años 70 en una caja con 5 discos de vinilo, añadiendo a los 3 CDs en que se recogía el trabajo, algunas grabaciones de televisión de aquella época.
En septiembre de 2016 fue nombrado «Hermano mayor de honor» de la hermandad de auroros de Javalí Viejo, en Murcia.
En octubre de 2016, Enrique Cornejo promovió un homenaje desde el Teatro Zorrilla de Valladolid a Joaquín Díaz.
El empresario vallisoletano le entregó el primero de los trofeos de una serie que ha creado y titulado «Ama el teatro».
En septiembre de 2017 recibió el Premio Nacional de Antropología de la Sociedad Española de Antropología y Tradiciones Populares.
En marzo de 2023 recibió el «Premio Investigación SGE 2021-2022» de la Sociedad Geográfica Española.
